Servisler & Destek
Uzman Biyoinformatik Ekibimizden Danışma İsteyin ve Hizmetlerimizin Araştırmanızı Nasıl Hızlandırabileceğini Keşfedin.
Bakteriyel Genom Analizi
Tüm Genom Dizileme
Bakteri, Arke, Mantar ve Viral Genom Analizi
Uzun Okuma ile Daha Doğru Sonuçlar
Karşılaştırmalı Analiz ile Türler Arasındaki Varyasyonlar
Proje Bazlı Analiz ve Metodoloji
Tüm genom analizi, bir organizmanın tüm genomunun ve işlevsel genlerinin kapsamlı bir şekilde incelenmesini sağlayan bir genetik analiz yöntemidir. Bu analiz ile organizmanın genomunun referans genomdan farklılaştığı pozisyonlardaki değişiklikler yani varyantlar tespit edilir. Açıklanan genomda antimikrobiyal direnç genleri, ikincil metabolit genleri ve virülans genleri tespit edilir.
- Hizalama Görüntüsü
- İşlevsel Genler İçeren Dairesel Genom Görüntüsü
- Yakın Alt Türlerle Genom Karşılaştırma Analizi (BRIG)
- Polimorfizm Tablosu
- Antimikrobiyal Direnç Genleri
- İkincil Metabolit Genleri
- Virulans Genleri
- LASTZ-Mauve çok örnekli genom hizalama analizi
Örnek Rapor
Antimikrobiyal Direnç Analizi (AMR)
Antimikrobiyal direnç (AMR) önemli bir küresel sağlık sorunudur. Metagenomik, çeşitli mikrobiyal ekosistemlerdeki rezistomların analiz edilmesini sağlar.
Shotgun metagenomik dizileme ve tüm genom dizileme ile antibiyotik direnç genleri Oxford Nanopore Teknolojileri kullanılarak uzun okumalarla tespit edilir. Direnç tespiti, Kapsamlı Antibiyotik Direnci Veritabanı (CARD) kullanılarak ham veriler içinde gerçekleştirilir.
Örnek Rapor
Metagenomik Analiz
Örnek Rapor
Massive Bioinformatics, Oxford Nanopore teknolojisinden yararlanan metagenomik analizler konusunda uzmanlaşmıştır. Proje gereksinimlerinize göre aşağıdaki hizmetleri sağlıyoruz:
Karşılaştırmalı Analiz ve Veri Görselleştirme:
Popülasyon araştırması ve biyomarker keşfi için örneklerin karşılaştırmalı analizini sağlıyoruz. Ayrıca araştırmanızın konusuyla ilgili görsel olarak çekici grafiksel sunumlar yapıyoruz.
Farklı canlı grupları için barkod genleri kullanılarak 16s rRNA geni ile bakteri ve arke gruplarının, ITS bölgesi ile mantarların, 18S rRNA geni ile ökaryotik organizmaların metagenomik analizleri yapılmaktadır. Çalışmanın içeriğine göre farklı veri tabanlarını kullanmak mümkündür, sonuçların doğruluğunu arttırmak için farklı iş akışları ile kombinasyonlar sağladığımız hizmetler arasındadır.
Kapsamlı Metagenomik Analiz:
Bakteriler ve arkeler (16S rRNA genini kullanarak), mantarlar (ITS bölgesini kullanarak) ve ökaryotik türler (18S rRNA genini kullanarak) üzerinde metagenomik analizler gerçekleştiriyoruz. Bu, her gruba özgü barkod genleri kullanılarak gerçekleştirilir.
Özel Veritabanı Ve İş Akışı:
Sonuçların mümkün olan maksimum doğruluğunu sağlamak için, kullanılan veri tabanlarını ve iş akışlarını çalışmanızın özel gereksinimlerine göre uyarlayabiliriz. Farklı canlı grupları için barkod genleri kullanılarak 16s rRNA geni ile bakteri ve arke gruplarının, ITS bölgesi ile mantarların ve 18S rRNA geni ile ökaryotik organizmaların metagenomik analizleri yapılmaktadır.
Tür Tanımlama:
Oxford Nanopore teknolojisini kullanarak, sadece hipervariable V3-V4 bölgesini (450 bp) değil, 16S rRNA geninin tamamını (1500 bp) sekanslayarak yüksek çözünürlüklü tür tanımlaması sağlıyoruz ve bu da daha fazla taksonomik hassasiyet sağlıyor. Bu strateji, genin yalnızca ~450 bp’sini hedef alan kısa okuma dizileme teknolojileriyle ilişkili hata oranını önemli ölçüde azaltır.
Shotgun Metagenomik
Tüm Genler
Uzun Okuma ile Daha Doğru Sonuçlar
Viral Metagenomik
Metagenomik Verilerinden Bütün Genom Oluşturma
Shotgun Metagenomik analiz, bir numunenin içerdiği tüm nükleik asit bilgisine ulaşmayı mümkün kılmaktadır. Bu yöntemle elde edilen toplam genomik materyalin tamamı dizilenir ve ardından hedef organizma grupları veya genlere yönelik veri tabanları ile istenilen bilgiye ulaşılır. Elde edilecek veri miktarı ve analiz yöntemleri örneğin içeriğine ve istenen bilgiye göre değişmektedir. Massive Bioinformatics, shotgun metagenom analizini hem kısa okumalar hem de uzun okumalar ile sağlamaktadır.
Örnek Rapor
SSu – LSu Metagenomik Analizler
Uzun Okuma ile Daha Doğru Metagenom Sonuçları
Bakteriler, Arkeler, Ökaryotlar ve Mantarlar
16S rRNA, ITS, 18S rRNA Genleri ile Metagenomik
Karşılaştırmalı Metagenomik Analizler
Metagenomik analizler, bir numunedeki mikroorganizmaların çeşitliliğini ve miktarlarını belirlemeyi mümkün kılmaktadır. Bakterilerin ~ 1500 bp uzunluğundaki 16S rRNA geni ile tanımlanması artık standartlaşmış bir süreçtir. Ancak yeni nesil dizileme yöntemlerinin çoğu bu genin sadece yaklaşık ~ 450 bp uzunluğundaki bir kısmını kullanmakta ve bu nedenle hatalı sonuçlar üretmektedir. Oxford Nanopore, uzun okuma teknolojisi sayesinde 1500 bp’lik 16S rRNA geninin tamamını okuyarak tür tanımlama çözünürlüğünü artırmış ve bu alanda yeni bir sayfa açmıştır. Metagenomik analizler, çok çeşitli numune türlerinin veya bir numunenin bileşenlerinin ayrıntılı olarak incelenmesi için çok sayıda olanak sağlar.
Örnek Rapor
Amplikon Dizileme
Massive Bioinformatics, Oxford Nanopore teknolojisinden yararlanan metagenomik analizler konusunda uzmanlaşmıştır. Proje gereksinimlerinize göre aşağıdaki hizmetleri sağlıyoruz :
Uzun Okuma Teknolojisi ile Tüm Amplikon Dizisi
İstenilen Bölgeler İçin Primer Tasarımı
Tek Bir Çalışmada Çoklu Bölge Analizi
Proje Bazlı Analiz ve Metodoloji
DNA veya RNA örneklerinden kesin bilgiler elde etmek için tasarlanmış, hedefli bir genetik analiz çözümü olan Amplikon Sekanslama hizmetimizi keşfedin. İlgilenilen belirli bölgeleri seçici olarak çoğaltıp dizileyerek, size mutasyonları saptamak, genetik çeşitliliği ortaya çıkarmak ve varyasyonları izlemek için mükemmel olan odaklanmış, yüksek çözünürlüklü veriler sağlıyoruz. En son teknolojimiz, sınırlı genetik materyalden bile doğru sonuçlar elde etmenizi sağlayarak, hızlı ve uygun maliyetli bir şekilde bilinçli kararlar almanızı sağlar. Amplikon Dizileme Hizmetimiz, tıbbi atılımlardan çevresel keşiflere kadar, kolaylaştırılmış, etkili genetik analize giden yolunuzdur.
RNA Dizileme
Doğrudan RNA Dizileme
Toplam RNA Profillerinin Analizi
Proje Bazlı Analiz ve Metodoloji
Karşılaştırmalı Analizler ile Hipotez Testleri
Laboratuvar hizmetlerimiz, diferansiyel gen ekspresyonu (DEG’ler), füzyon gen keşfi ve tek nükleotid varyasyonları (SNV’ler) ve insersiyon/delesyonlar (Indel’ler) dahil olmak üzere varyant tanımlama gibi çok çeşitli analizler için RNA-Seq hizmetleri sunmaktadır. Bu değerlendirmeler, yetenekli biyoinformatikçilerimiz tarafından en son teknoloji ve sınıfının en iyisi algoritmalar kullanılarak gerçekleştirilir. Biyoinformatik çözümümüz, ısı haritası ve PCA (Temel Bileşen Analizi) analizi ile tamamlanan RNA verilerinizdeki önemli ifade modellerini göstererek üst düzey bir genel bakış ve ayrıntılı veri araştırması sağlar. KEGG, GO, DO, Reactome ve WikiPathways gibi veritabanlarını kullanan zenginleştirme analizi de RNA verilerinizin işlevsel sonuçları hakkında yararlı bilgiler sağlar.
Viral Tüm Genom Analizi
Oxford Nanopore metodolojisini kullanan viral tüm genom dizileme, viral genetik materyalin kapsamlı analizini sağlayan son teknoloji ve yenilikçi bir tekniktir. Oxford Nanopore Technologies tarafından geliştirilen nanopore dizileme teknolojisinin gücünden yararlanan bu yaklaşım, araştırmacılara ve bilim insanlarına viral genomun tamamının yüksek çözünürlüklü bir görünümünü sağlar.
COVID-19 Analizi
Filogeni ve İletim Analizi
Uzun Okumalarla Daha Doğru Sonuçlar
Viral Metagenomiks
Metagenomik Verilerden Bütün Genom Oluşturma
Uzun okumaların avantajlarından yararlanan Oxford Nanopore dizileme teknolojisine dayalı SARS-CoV-2’nin tespiti için özelleştirilmiş boru hattımızla. Hizmetimiz, okumaları SARS-CoV-2 referans genomuna hizalar, varyantları çağırır ve bir konsensüs genom dizisi oluşturur. Daha sonra Pangolin ve NextClade kullanarak numunenin soy, klad ve filogenetik ağaç bilgilerini belirler. Veri ve QC metrik dosyalarıyla birlikte tüm bilgiler, kolay görüntüleme için kapsamlı bir html raporunda özetlenir.
Influenza Analizi
Oxford Nanopore Teknolojileri, Influenza A ve B tüm genomlarının PCR ile çoğaltılmasını ve ligasyon sekanslama kimyası kullanılarak tek bir akış hücresinde 96 farklı numunenin çalıştırılmasını sağlayan bir iş akışı sunar.
İnfluenza örneklerinin dizileme verileri, Nextclade veritabanı (clades.nextstrain.org) aracılığıyla İnfluenza genomunun hangi alt türe ait olduğunu belirlemek için otomatik analiz programımızla kullanılır. Çalışılan veriler, bu veri tabanındaki Influenza A ve B virüs tiplerinin aşı suşları ile birlikte değerlendirilerek raporlanmaktadır.