Yükleyin ve Analiz Edin: İhtiyacınız Olan Bir Tarayıcı
nCOV Analyser
nCOV19 Analyser, bir uzun okuma teknolojisi olan Oxford Nanopore dizilemeyi kullanarak SARS-CoV-2’nin tespiti için özelleştirilmiş bir iş akışıdır. nCOV19 Analyser, okumaları SARS-CoV-2 referans genomuna hizalar, varyantları çağırır ve bir konsensüs genom dizisi oluşturur. Ardından Pangolin ve NextClade kullanarak numunenin soy, clade ve filogenetik ağaç bilgilerini belirler. Veriler ve QC metrik dosyalarıyla birlikte tüm bilgiler, kolayca görüntülenebilmesi adına kapsamlı bir HTML raporunda sunulur.
Yazılımın İçindekiler
Kolay Görüntüleme – Tek Dosya Formatı (Excel & Fasta)
WORKFLOW
ÖRNEK FİGÜRLER
Filogenetik Ağaç
CNV Diyagramı
Diyagram kromozom bazlı kopya sayısı varyantlarını göstermektedir. Koyu mavi kaybı gösterirken, koyu kırmızı kazancı gösterir.
Referanslar Arasında Kalitenin Haritalanması
Referans genomla eşlenen okumaların kalitesi.
Genom Kapsama Histogramı
Eşlenen okumaların kapsama dağılımı.
Referanslar Arasında Genom Kapsamı
Referans genom boyunca her baz için kapsama alanının çizgi grafiği.
Eşlenmiş Okumalar GC-İçerik Dağılımı
Eşlenen okumalar arasında GC-içerik dağılımı.
Çoğaltma Oranı Histogramı
Her okumanın çoğaltma oranları.
Özellikler
SARS-CoV-2 için Yerleşik Referans Genom
SARS-CoV-2'nin Uzun Okuma ve Yüksek Kapsamlı Sekanslaması
Eşle/Hizala ve Varyant Çağırma
Örnekler için Kapsam ve Kalite Kontrol Metriklerinin İstatistikleri ve Çizimleri
Pangolin Soy Analizi ve NextClade Klad Analizi
Nextstrain Filogenetik Ağaç Analizi
Detaylı Excel Raporları Örneklerin Oluşturulması
Örneklerin Detaylı HTML İnteraktif Raporu
GISAID formatında excel raporu üretimi
Numune Dizileme ve Analizinden Sonra nCOV19 Analizörü ile Her Numune için Aşağıdaki Sonuçlar Sağlanır:
Ham Okumalar (Fastq formatı)
Konsensüs Genom Dizisi (FNA formatı)
NC_045512.2 ile Karşılaştırılan SNP’lerin/Indellerin Listesi (VCF formatı))
Ortalama Derinlik
Kalite Kontrol (Geçti/Başarısız)
VOI/VOC için DSÖ Etiketleri
Harf Kodları ile Küme Tanımlama
İstatistiksel Analizlerin Grafiksel Gösterimleri
Tüm Özet Bilgileri İçeren Bir Rapor Sayfası (HTML formatı)
NC_045512.2 ile Karşılaştırılan Hizalama Dosyası (BAM formatı)
Gen ve Amino Asit Bazlı Değişiklik Listesi
Filogenetik Ağaç Dosyası (JSON formatı)
Konsensüs Genom Dizisi (FASTA formatı)
Pango Soyağacı
Bizimle iletişime geç!
Özelleştirilmiş biyoinformatik analizler ve yenilikçi yazılım araçlarından Yeni Nesil Dizileme cihazlarına kadar araştırmanızı geliştirmek için ihtiyacınız olan her şeyi sağlıyoruz. Hizmetlerimizi ve ürünlerimizi bugün keşfedin. Uzmanlarımızla araştırma projeleriniz hakkında bir toplantı planlamak için bizimle iletişime geçin. Birlikte bir fark yaratabiliriz.
Uzman Danışmanlık
Bizimle iletişime geçtiğinizde uzman danışmanlarımızla birebir görüşmeler yaparak projeleriniz için en uygun çözümleri keşfedebilirsiniz.
Özelleştirilmiş Hizmetler
İhtiyaçlarınıza özel olarak tasarlanmış hizmet ve ürünlerle araştırma süreçlerinizi hızlandıracak ve hedeflerinize daha kısa sürede ulaşmanıza yardımcı olacağız.
