Metagenomik Analizler
Massive Bioinformatics, Oxford Nanopore teknolojisinden yararlanan metagenomik analizler konusunda uzmanlaşmıştır. Proje gereksinimlerinize göre aşağıdaki hizmetleri sağlıyoruz:
Karşılaştırmalı Analiz ve Veri Görselleştirme:
Popülasyon araştırmaları ve biyomarker keşfi için örneklerin karşılaştırmalı analizini sağlıyoruz. Ayrıca araştırmanızın konusuyla ilgili görsel olarak çekici grafiksel sunumlar yapıyoruz.
Farklı canlı grupları için barkod genleri kullanılarak 16s rRNA geni ile bakteri ve arke gruplarının, ITS bölgesi ile mantarların, 18S rRNA geni ile ökaryotik organizmaların metagenomik analizleri yapılmaktadır. Çalışmanın içeriğine göre farklı veri tabanlarını kullanmak mümkündür, sonuçların doğruluğunu arttırmak için farklı iş akışları ile kombinasyonlar sağladığımız hizmetler arasındadır.
Özel Veritabanı ve İş Akışı:
Sonuçların mümkün olan maksimum doğruluğunu sağlamak için, kullanılan veri tabanlarını ve iş akışlarını çalışmanızın özel gereksinimlerine göre uyarlayabiliriz. 16s rRNA geni ile bakteri ve arke gruplarının, ITS bölgesi ile mantarların ve 18S rRNA geni ile ökaryotik organizmaların metagenomik analizleri, farklı canlı grupları için barkod genleri kullanılarak gerçekleştirilmektedir.
Kapsamlı Metagenomik Analiz:
Bakteriler ve arkeler (16S rRNA genini kullanarak), mantarlar (ITS bölgesini kullanarak) ve ökaryotik türler (18S rRNA genini kullanarak) üzerinde metagenomik analizler gerçekleştiriyoruz. Bu, her gruba özgü barkod genleri kullanılarak gerçekleştirilir.
Tür Tanımlaması:
Oxford Nanopore teknolojisini kullanarak, sadece hipervariable V3-V4 bölgesini (450 bp) değil, tam 16S rRNA genini (1500 bp) dizileyerek yüksek çözünürlüklü tür tanımlaması sağlıyoruz ve daha fazla taksonomik hassasiyete izin veriyoruz. Bu strateji, genin yalnızca ~450 bp’sini hedef alan kısa okuma dizileme teknolojileriyle ilişkili hata oranını önemli ölçüde azaltır.
Species Diversity and Quantity Analysis
Comparative Taxonomic Analysis
PCA Analysis of Samples
Principal Coordinate and Component Analyzes
Alpha – Beta Diversity Analyzes
Shotgun Metagenomik
Shotgun Metagenomik analiz, bir numunenin içerdiği tüm nükleik asit bilgisine ulaşmayı mümkün kılmaktadır. Bu yöntemle elde edilen toplam genomik materyalin tamamı dizilenir ve ardından hedef organizma grupları veya genlere yönelik veri tabanları ile istenilen bilgiye ulaşılır. Elde edilecek veri miktarı ve analiz yöntemleri örneğin içeriğine ve istenen bilgiye göre değişmektedir. Massive Bioinformatics, hem kısa okumalar hem de uzun okumalar ile shotgun metagenom analizi sağlar.
Çevrede bulanan tüm genler
Viral Metagenomik
Uzun Okuma ile Daha Doğru Sonuçlar
Metagenomik Verilerinden Tüm Genom Yapısı
Sıkça Sorulan Sorular (SSS)
Bu hizmet için laboratuvarınıza doğrudan bir numune gönderebilir miyim?
Evet, gönderebilirsiniz. Ancak, numune miktarı ve özellikle aradığınız türler (virüsler, bakteriler, vb.) hakkında bilgi almak için satış sorumlusuyla iletişime geçin.
Örneğimde konak DNA'sının bulunması analizimi etkiler mi?
Evet, Shotgun metagenomik yaklaşımında numunedeki toplam DNA izole edilir ve doğrudan dizilenir. Numunenizde konakçı DNA mevcutsa, elde edilen verilerin çoğu konakçı genomuyla hizalanabilir. Konakçı DNA’nın çıkarılmasıyla ilgili çözümlerimiz için lütfen satış sorumlusuyla iletişime geçin.
Species Diversity and Identification
Long Reads
Whole Genome Analysis
Functional Analyzes
SSu - LSu Metagenomik Analizleri
Metagenomik analizler, bir numunedeki mikroorganizmaların çeşitliliğini ve miktarlarını belirlemeyi mümkün kılar. Bakterilerin yaklaşık 1500 bp uzunluğundaki 16S rRNA geni ile tanımlanması standart bir yöntemdir. Ancak, birçok yeni nesil dizileme yöntemi bu genin sadece yaklaşık 450 bp uzunluğundaki bir kısmını kullanır ve bu nedenle hatalı sonuçlar üretebilir. Oxford Nanopore’un uzun okuma teknolojisi, 1500 bp’lik 16S rRNA geninin tamamını okuyarak tür tanımlama çözünürlüğünü artırmış ve bu alanda yeni bir dönemi başlatmıştır. Metagenomik analizler, çok çeşitli numune türlerinin veya bir numunenin bileşenlerinin ayrıntılı olarak incelenmesine olanak sağlar.
Uzun Okuma ile Daha Doğru Metagenom Sonuçları
Bakteriler, Arkealar, Ökaryotlar ve Mantarlar
16S rRNA, ITS, 18S rRNA Genleri ile Metagenomik
Karşılaştırmalı Metagenomik Analizler
Sıkça Sorulan Sorular (SSS)
Örneklerimi amplikon olarak da iletebilir miyim?
Evet, long-read tabanlı Oxford Nanopore Platformunda bakteri dağılımları için 16S veya 23S bölgelerini, mantar ve ökaryotlar için ITS ve 18S bölgelerini analiz ediyoruz. Kullandığınız primerlerin dizilimlerini, amplikon uzunluklarını ve jel doğrulama görüntülerini paylaşarak örneklerinizi amplikon olarak gönderebilirsiniz.