Viral Tüm Genom Analizi

Oxford Nanopore metodolojisini kullanan viral tüm genom dizileme, viral genetik materyalin kapsamlı analizini sağlayan son teknoloji bir tekniktir. Oxford Nanopore Teknolojisi gücünden faydalanarak bu yöntem, araştırmacılara ve bilim insanlarına tam viral genomun yüksek çözünürlüklü bir görünümünü sunar.

COVID-19 Analizi

Uzun okumaların avantajlarından yararlanan Oxford Nanopore dizileme teknolojisine dayalı SARS-CoV-2 tespiti için özelleştirilmiş yazılımımız kullanılmaktadır. Hizmetimiz, okumaları SARS-CoV-2 referans genomuna hizalar, varyantları belirler ve bir konsensüs genom dizisi oluşturur. Ardından, Pangolin ve NextClade kullanarak numunenin soyunu, kladını ve filogenetik ağaç bilgilerini belirler. Veri ve kalite kontrol metrik dosyalarıyla birlikte tüm bilgiler, kolay görüntüleme için kapsamlı bir HTML raporunda özetlenir.

$

Uzun Okumalarla Daha Doğru Sonuçlar

$

Tüm Genom Oluşturma

$

Arktik Protokol Tabanlı Analiz

İnfluenza Analizi

Oxford Nanopore Technologies, Influenza A ve B tüm genomlarının PCR ile çoğaltılmasını ve ligasyon sekanslama kimyası kullanılarak tek bir akış hücresinde 96 farklı numunenin çalıştırılmasını sağlayan bir iş akışı sunar.

İnfluenza örneklerinin dizileme verileri, Nextclade veritabanı (clades.nextstrain.org) aracılığıyla İnfluenza genomunun hangi alt türe ait olduğunu belirlemek için otomatik analiz programımızla kullanılır. Çalışılan veriler, bu veri tabanındaki Influenza A ve B virüs tiplerinin aşı suşları ile birlikte değerlendirilerek raporlanmaktadır.

Sıkça Sorulan Sorular (SSS)

Numunemi nasıl göndermeliyim?

Viral DNA/RNA izolasyonu adımı çalışmanızın en önemli adımıdır. Bu aşamadaki başarı tüm sekans çıktısını etkileyecektir. Bu nedenle örneğinizi DNA olarak göndermeniz önerilir. RNA virüsleri için cDNA dönüşümü, transfer sırasında numuneyi korumak için büyük önem taşır.

DNA izole etme şansım yok. Örneğimi nasıl gönderebilirim?

Viral DNA/RNA izolasyonu adımı çalışmanızın en önemli adımıdır. Bu aşamadaki başarı tüm sekans çıktısını etkileyecektir. Bu nedenle örneğinizi DNA olarak göndermeniz tavsiye edilir. İzolasyon hizmetinin dahil edilmesi durumunda çalışmanın başarısı için herhangi bir garanti bulunmamaktadır.

DNA izolasyonu viral tüm genom için neden önemlidir?

Virüslerin genomu diğer mikroorganizmalara göre oldukça küçüktür. Çalışmak istediğiniz virüsü içeren numunedeki diğer mikroorganizmalar da dizileme sırasında dizileneceğinden, elde edilen verilerin çoğu viral genom analizine dahil edilmeyecektir. Numune türünüze bağlı olarak analiz için önerilen veri miktarı değişecektir. Bu nedenle çalışmada kullanılan DNA izolasyon kiti örnek türünüze bağlı olarak çok önemlidir.

Ne kadar veri almalıyım?

Viral genomda istenen veri derinliğini elde etmek için viral genom uzunluğu x derinlik formülü kullanılır. Ancak buna ek olarak, numunenizdeki virüs oranı da dikkate alınmalıdır. Çalışmanızı ayrıntılı olarak planlamak için lütfen Satış Uzmanlarımızla iletişime geçin.