Geçtiğimiz yılda, bir grup araştırmacı bakteriyel metagenomik için DNA ekstraksiyonuna ve Oxford Nanopore kütüphane hazırlığına olanak tanıyan, sahada kullanılabilen, üç saatlik taşınabilir bir iş akışı geliştirdi.
Araştırmacılar iş akışını tavuk fekal örneklerinde antimikrobiyal direnç genlerini tespit etmek için geliştirdi ancak başka kompleks örnek tipleri için de kullanılabileceğine inanıyorlar.
Taşınabilir iş akışının son hali şunları içeriyor:
- Pille çalışan Omnilyser X beat-beater ile hücre lizizi
- Zymo Quick-DNA HMW Magbead kit ile DNA pürifikasyonu
- 0.4 bead/örnek oranıyla AMPUre XP bead pürifikasyonu
- Bütün ısıtma ve santrifüj adımları için Bento Lab Pro
- Oxford Nanopore VolTRAX*’ta dizileme için kütüphane hazırlığı
- Oxford Nanopore dizileme
Neden Önemli?
Geliştirilen taşınabilir iş akışı, enzimatik liziz ve Quick-DNA HMW MagBead ekstraksiyonunu içeren laboratuvar iş akışına kıyasla, daha kısa fragman boyutlarına (27 kbp’ye karşı 58 kbp) rağmen araştırmacıların daha fazla yüksek saflıkta DNA elde etmelerini sağladı.
Aynı zamanda, araştırmacılar bazı örneklere tanımlanmış sahte bir bakteri topluluğu eklediler. Böylece farklı ekstraksiyon adımlarının (enzimatik liziz ve beat-beating gibi) etkinliğini ve tespit edilen bakteri grupları açısından farklı DNA ekstraksiyon işlemlerinin güçlü/zayıf yönlerini belirleyebildiler.
Yapılan ilginç bir değişiklik, Omnilyser X bead-beater’in pil voltajını 6 V’dan 1.5 V’a düşürmekti. Bu, daha yumuşak bir bead-beating hareketi sağlayarak ekstrakte edilen DNA’nın fragman uzunluğunu iki katına çıkardı. Bu değişiklik, DNA verimini %50 azalttı ama dizileme sonuçlarını önemli ölçüde iyileştirdi.
* Oxford Nanopore, yerine TraxION cihazını getireceği için VolTRAX’ın üretimini durdurmuştur.
Bento Lab & Oxford Nanopore MinION kombinasyonuyla çalışmalarınıza boyut katmak için bize ulaşın!