Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından yayımlanan son verilere göre, hepatit eliminasyonunda ilerleme kaydedilmiş olsa da 2030 hedeflerine ulaşmak için mevcut hız yeterli değil.
Bunun durumun en önemli nedenlerinden biri tanı ve analiz süreçlerinin hala sınırlı çözünürlük sunması.
Mevcut Yaklaşımların Sınırları:
Geleneksel HBV analizleri çoğunlukla kısmi genom bölgelerine odaklanır dolayısıyla sınırlı varyant bilgisi sağlar. Bu durum klinik karar süreçlerinde eksik veri üretmenize neden olur ve beraberinde şu gibi sonuçlar doğurabilir:
- Eksik genotipleme
- Direnç mutasyonların kaçırılması
- Yanlış veya eksik klinik yorumlar
Fig 1. Uzun okuma (third-generation) dizileme teknolojileri, kısa okuma yöntemlerinin sınırlamalarını aşarak çok daha uzun DNA parçalarını analiz etmeye olanak tanır ve özellikle tekrarlayan bölgelerin doğru şekilde çözülmesini sağlar. Nanopore dizileme elektriksel sinyalleri ölçerken, SMRT teknolojisi ise DNA sentezi sırasında oluşan floresan sinyallerini kullanır.
HBV Beklediğimizden Daha Karmaşık
Son çalışmalar, HBV’nin bir virüs olmasının yanı sıra:
- İnsan genomuna entegre olabilen
- parçalı ve kompleks yapılar oluşturabilen
Özelliklere sahip olduğunu gösteriyor
Bu kompleks yapı kısa okuma teknolojileriyle tam olarak çözülemez dolayısıyla uzun okuma sekanslama gerektirir.
Fig 2. HBV, hücre yüzeyindeki HSPG ve NTCP üzerinden hücreye girer; rcDNA çekirdekte cccDNA’ya dönüşerek viral mRNA ve pgRNA üretimini başlatır. pgRNA kapsid içinde ters transkripsiyonla yeniden rcDNA veya dslDNA’ya çevrilir, olgun viryonlar HBsAg ile zarf kazanarak salınır; dslDNA ise bazen konak genomuna entegre olur ancak bu form çoğalma yeteneğine sahip değildir.
Çözüm: Nanopore + HBV-LR-100 Entegrasyonu
Nanopore teknolojisi, uzun okuma kapasitesi sayesinde HBV analizinde önemli avantaj sağlar. Ancak gerçek performans doğru kit ile ortaya çıkar
MobiomX HBV-LR-100 kiti, nanopore platformları ile entegre çalışacak şekilde optimize edilmiştir
Özellikler:
- Oxford Nanopore Technologies (ONT) tabanlı
- Uzun okuma teknolojisi (Long-read)
- Tam genom kapsamı (~3.2 kb)
- 24 örneğe kadar multiplexing
- DNA’dan rapora ~12-40 saat
İlaç Direnci Analizi:
HBV genomunda antiviral ilaç direnci ile ilişkili bolgeler analiz edilerek direnç mutasyonları analiz edilir ve tedavi kararlarını destekleyen moleküler içgörü sağlanır.
Escape Mutasyon Tespiti:
HBsAg ile ilişkili escape mutasyonları belirlenebilir
İş Akışı
Neden MobiomX ve Nanopore?
Daha fazla test yapılmalı ve daha hızlı sonuç alınmalı ama en önemlisi daha doğru ve kapsamlı veri üretilmeli
HBV analizinde:
- Kısmi genom
- Sınırlı veri
yerine
- Tam genom
- Uzun okuma ile sekanslama
- Entegre kit çözümü
Nanopore + HBV-LR-100, bu dönüşümü mümkün kılan güçlü bir kombinasyon sunar.
HBV çalışmalarınızda daha yüksek çözünürlüklü ve klinik içgörü elde etmek istiyorsanız bizimle iletişime geçebilirsiniz.