Bakteriyel Tüm Genom Analizi

Tüm Genom Dizileme (WGS)

Tüm genom analizi, bir organizmanın tüm genomunun ve işlevsel genlerinin kapsamlı bir şekilde incelenmesini sağlayan bir genetik analiz yöntemidir. Bu analiz ile organizmanın genomunun referans genomdan farklılaştığı pozisyonlardaki değişiklikler yani varyantlar tespit edilir. Açıklanan genomda antimikrobiyal direnç genleri, ikincil metabolit genleri ve virülans genleri tespit edilir.

Aşağıda, genom araştırmamızda yer alan temel bileşenler ve analizler, genomik verilere ve bunların sonuçlarına kapsamlı bir bakış açısı sağlamaktadır:

Hizalama görüntüsü
İşlevsel genler içeren dairesel genom görüntüsü
Yakın alt türlerle genom karşılaştırma analizi (BRIG)
Polimorfizm tablosu
Antimikrobiyal direnç genleri
İkincil metabolit genleri
Virülans genleri
LASTZ-Mauve çok örnekli genom hizalama analizi

Massive Bioinformatics, mikrobiyal organizmalar için tüm genom dizileme analiz hizmetleri ile hizmetinizdedir. Tüm genom dizileme analizlerinde hem uzun okuma hem de kısa okuma teknolojilerinden yararlanarak kapsamlı, daha doğru ve kapsayıcı çalışmalar için hizmet vermekteyiz. Bakteri, arke, mantar ve parazit gibi organizmaların tüm genomu, komperatif genomik, polimorfik yapıların incelenmesi, anotasyonlar ve daha birçok analiz ihtiyacınıza göre gerçekleştirilmektedir.

Massive Bioinformatics, tüm genom dizileme analizlerinde projenize yönelik çözümler sunar. Referansı bilinen veya de novo dizileme yapılan organizmalarınız için kısa veya uzun okumalar ve hibrit okumalar ile analizler gerçekleştiriyoruz. Antimikrobiyal direnç genleri, gen anotasyonları, polimorfizm istatistikleri, metabolik gen kümelerine yönelik analizler, RNA çeşitleri, plazmid genomu (varsa), farklı suşların karşılaştırmalı analizleri ve daha birçok analiz için ihtiyaçlarınız doğrultusunda bize danışabilirsiniz.

Bakteri, Arke, Mantar ve Viral Genom Analizi

Uzun Okuma ile Daha Doğru Sonuçlar

Karşılaştırmalı Analiz ile Suşlar Arasındaki Varyasyonlar

Proje Bazlı Analiz ve Metodoloji

Sıkça Sorulan Sorular (SSS)

Numunelerimi nasıl göndermeliyim?

Örneklerinizi saf kültür veya total genomik DNA olarak gönderebilirsiniz. Gram boyama bilginiz varsa, paylaşmanız teşvik edilir. Gönderilecek numune ve DNA miktarı çalışmaya göre değişiklik gösterebilir. Bu nedenle lütfen Numune Kabul Kriterleri dosyasını dikkatlice okuyunuz ve Satış Sorumlunuz ile iletişime geçiniz.

Genomik DNA dizilemesinde PCR uygulanır mı?

Hayır, bu dizilimde doğal DNA doğrudan dizilenir. Bu şekilde, genomik DNA üzerindeki metilasyonları da tanımlayabilirsiniz. Daha fazla bilgi için lütfen Satış Temsilcinizle iletişime geçin.

Her bakteriyi inceleyebilir misiniz?

Evet, ancak patojenik bakteriler laboratuvarımıza kabul edilmemektedir. Lütfen saf kültür olarak gönderdiğiniz numunelerin insan patojeni olmadığından emin olun. Çalışmanızda patojen bakteriler için dizileme yapılacaksa, numune yalnızca DNA izolasyonundan sonra genomik DNA olarak gönderilmelidir. Patojenik bakteriler çalışmaya dahil edilmeyecektir.

Antimikrobiyal Direnç Analizi (AMR)

Antimikrobiyal direnç (AMR) önemli bir küresel sağlık sorunudur. Metagenomik, çeşitli mikrobiyal ekosistemlerdeki rezistomların analiz edilmesini sağlar.

Shotgun metagenomik dizileme ve tüm genom dizileme ile antibiyotik direnç genleri Oxford Nanopore Teknolojileri kullanılarak uzun okumalarla tespit edilir. Direnç tespiti, Kapsamlı Antibiyotik Direnci Veritabanı (CARD) kullanılarak ham veriler içinde gerçekleştirilir.

Sıkça Sorulan Sorular (SSS)

Bakteriyel tüm genom dizileme ile bakteriyel tüm genom AMR analizi arasındaki fark nedir?

İki yöntemin laboratuvar adımları tamamen aynıdır. AMR analizi, bakteriyel tüm genom çalışmasıyla birlikte gerçekleştirilen özel bir analizdir. Her iki analiz için de aynı veri seti kullanılabilir.