Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından yayımlanan son verilere göre, hepatit eliminasyonunda ilerleme kaydedilmiş olsa da 2030 hedeflerine ulaşmak için mevcut hız yeterli değil.
Bu durumun en önemli nedenlerinden biri, tanı ve analiz süreçlerinin hâlâ sınırlı çözünürlük sunmasıdır. Bu nedenle, HBV genomunun daha kapsamlı şekilde incelenmesini sağlayan yeni nesil dizileme yaklaşımları giderek daha fazla önem kazanmaktadır.
Mevcut HBV Analizlerinin Sınırları
Geleneksel HBV analizleri çoğunlukla genomun belirli bölgelerine odaklanır. Dolayısıyla, bu yaklaşımlar sınırlı varyant bilgisi sağlayabilir. Bunun sonucunda, klinik değerlendirme için gerekli bazı genetik bilgiler gözden kaçabilir ve aşağıdaki sorunlar ortaya çıkabilir:
- Eksik genotipleme
- Direnç mutasyonlarının kaçırılması
- Yanlış veya eksik klinik yorumlar
Şekil 1. Uzun okuma (third-generation) dizileme teknolojileri, kısa okuma yöntemlerinin sınırlamalarını aşarak çok daha uzun DNA parçalarının analiz edilmesine olanak tanır. Özellikle, tekrarlayan genom bölgelerinin daha doğru şekilde çözümlenmesine katkı sağlar. Nanopore dizileme elektriksel sinyalleri ölçerken, SMRT teknolojisi DNA sentezi sırasında oluşan floresan sinyallerini kullanır.
HBV Genomu Neden Daha Karmaşık?
Son çalışmalar, HBV genomunun beklenenden daha karmaşık yapılar oluşturabildiğini göstermektedir. Virüs, özellikle şu özellikleriyle dikkat çeker:
- İnsan genomuna entegre olabilmesi
- Parçalı ve kompleks genomik yapılar oluşturabilmesi
Ancak, bu kompleks yapıların kısa okuma teknolojileriyle tamamen çözümlenmesi her zaman mümkün olmayabilir. Bu nedenle, daha uzun DNA parçalarının tek seferde analiz edilmesine olanak sağlayan uzun okuma dizileme teknolojileri önemli bir avantaj sunar.
Şekil 2. HBV, hücre yüzeyindeki HSPG ve NTCP üzerinden hücreye girer. Daha sonra rcDNA çekirdekte cccDNA’ya dönüşerek viral mRNA ve pgRNA üretimini başlatır. pgRNA, kapsid içinde ters transkripsiyonla yeniden rcDNA veya dslDNA’ya çevrilir. Olgun viryonlar HBsAg ile zarf kazanarak salınırken, dslDNA bazı durumlarda konak genomuna entegre olabilir; ancak bu form çoğalma yeteneğine sahip değildir.
Oxford Nanopore ile HBV Uzun Okuma Dizileme
Oxford Nanopore teknolojisi, uzun okuma kapasitesi sayesinde HBV genomunun daha kapsamlı şekilde analiz edilmesine olanak sağlar. Özellikle, kısa okumalarla çözülmesi zor olabilen kompleks genomik yapıların daha uzun DNA parçaları üzerinden değerlendirilmesi mümkün hâle gelir.
Bununla birlikte, dizileme teknolojisinin performansı kullanılan örnek hazırlama ve hedef zenginleştirme yaklaşımıyla da yakından ilişkilidir. Bu noktada MobiomX HBV-LR-100 kiti, Oxford Nanopore platformlarıyla entegre çalışacak şekilde optimize edilmiştir.
MobiomX HBV-LR-100 ile HBV Analizi
MobiomX HBV-LR-100, Oxford Nanopore ile HBV analizi için geliştirilmiş bir çözüm sunar. Böylece, HBV genomunun daha geniş kapsamda değerlendirilmesi ve uzun okuma dizilemenin sağladığı avantajlardan yararlanılması amaçlanır.
HBV-LR-100 Kitinin Özellikleri
MobiomX HBV-LR-100, Oxford Nanopore platformlarıyla uyumlu çalışacak şekilde geliştirilmiştir. Ayrıca, uzun okuma dizileme yaklaşımı sayesinde HBV genomunun daha geniş kapsamda analiz edilmesini destekler.
- Oxford Nanopore Technologies (ONT) tabanlı çalışma
- Uzun okuma (long-read) dizileme teknolojisi
- Yaklaşık 3,2 kb tam genom kapsamı
- 24 örneğe kadar aynı çalışmada çoklu örnek analizi (multiplexing)
- DNA’dan rapora yaklaşık 12–40 saatlik iş akışı
Böylece, birden fazla örnek aynı çalışma kapsamında değerlendirilebilir ve HBV tam genom analiz süreci daha bütüncül şekilde yürütülebilir.
İlaç Direnci Analizi:
HBV genomunda antiviral ilaç direnci ile ilişkili bolgeler analiz edilerek direnç mutasyonları analiz edilir ve tedavi kararlarını destekleyen moleküler içgörü sağlanır.
Escape Mutasyon Tespiti:
HBsAg ile ilişkili escape mutasyonları belirlenebilir
İş Akışı
Neden MobiomX ve Nanopore?
Daha fazla test yapılmalı ve daha hızlı sonuç alınmalı ama en önemlisi daha doğru ve kapsamlı veri üretilmeli
HBV analizinde:
- Kısmi genom
- Sınırlı veri
yerine
- Tam genom
- Uzun okuma ile sekanslama
- Entegre kit çözümü
Nanopore + HBV-LR-100, bu dönüşümü mümkün kılan güçlü bir kombinasyon sunar.
HBV çalışmalarınızda daha yüksek çözünürlüklü ve klinik içgörü elde etmek istiyorsanız bizimle iletişime geçebilirsiniz.