Mikrobiyota, bağırsaklarımızda bulunan bakteriler, virüsler, mantarlar gibi çeşitli mikroorganizmaların tümüne verilen addır. Mikrobiyom ise mikrobiyota olarak ifade edilen organizmaların genetik materyalidir.
Artan kanıtlar, mikrobiyotamızdaki hassas dengenin bağışıklık sisteminden nörolojik sağlığa kadar derin etkileri olabileceğini göstermektedir. Bu dengenin bozulması inflamatuar bağırsak hastalıkları, kolorektal kanser gibi çeşitli hastalıklar ile ilişkilendirilebiliyor.
Son yıllarda, yeni nesil dizileme teknolojilerindeki ilerlemeler sayesinde bağırsak mikrobiyotasının karmaşık dünyasına dair bilgimiz büyük ölçüde arttı. Bir zamanlar sadece uzman mikrobiyologların alanı olan iç mikrobiyal ekosistem, modern tıpta hayati bir öneme sahip olan bir alan haline geldi.
Tam da bu yüzden, Massive Bioinformatics’in genel müdürü İbrahim Halil Miraloğlu ile Gastroenteroloji ve İç Hastalıkları uzmanı Prof. Dr. Hakan Yüceyar, geçtiğimiz günlerde gerçekleştirilen canlı yayında bağırsak mikrobiyotası ve MassBiome hakkında konuştular!
İlginizi çekebilir: Bağırsak Mikrobiyotası Beyin Gelişiminde Rol Oynar
Yeni Nesil Dizileme (NGS) Mikrobiyom Analizinde Neleri Değiştirdi?
Sindirim sistemimizdeki bakteri, virüs ve mantarları izole etmek ve kültüre almak tarihsel olarak zorlu ve zaman alıcıydı. Kültür tabanlı yöntemler bağırsaktaki mikrobiyal çeşitliliğin sadece küçük bir kısmını yakalayabiliyordu. Yeni nesil dizileme yöntemlerinin ortaya çıkışı, bağırsak mikrobiyomunu kapsamlı bir şekilde haritalama kabiliyetimizi devrim niteliğinde değiştirdi.
Canlı yayında Miraloğlu bu değişimi vurguladı:
“Özellikle yeni nesil dizileme cihazlarının çıkışıyla beraber, genetik çeşitliliği araştırmak eskiye nazaran oldukça kolaylaştı. İzole edilebilen bakteriler, virüsler, mantarlar var olan popülasyonun çok küçük kısmını oluşturuyor. Bunları var olan izolasyon yöntemleri haricinde yeni nesil dizileme olmadan bulmak zor. Eski tekniklerle bu işlemlerin yapılması hem çok zahmetli, hem çok pahalı, hem de çok zaman alıcıydı. Yeni nesil dizileme (NGS) metodları bilgisayar biliminin gücünü kullanarak eskiden bizim yıllarımızı alan işlemleri hem veri üretme hem de veriyi analiz edebilme kısmında yapmamızı sağladı. Bundan 20 yıl önce belki çok büyük uluslararası bir projeyle yapılabilecek bir şeyi şu an bir kişi uygun fiyatlara kendisi için yaptıracak duruma geldi.”
Araştırmacılar, örnekteki mikropların genetik kimliklerini doğrudan analiz ederek, bu karmaşık ekosistemdeki birçok türü tanımlayıp nicelendirebiliyor. Bu çalışmalar insan bağırsağının 500’den fazla farklı bakteri türüne ev sahipliği yapabileceği tahminlerini destekleyerek, mikrobiyota ekosisteminin çarpıcı çeşitliliğini ortaya koyuyor.
Kişiselleştirilmiş Mikrobiyota Takibi
Mikrobiyom hakkındaki bilgimiz genişledikçe, kişiselleştirilmiş sağlık takibi ve hastalık önleme imkanı daha da cazip hale gelmektedir. Uzmanlar, değişiklikleri takip etmek ve potansiyel risk faktörlerini belirlemek için düzenli mikrobiyom değerlendirmelerini önermektedir.
Canlı yayında Prof. Dr. Hakan Yüceyar ve İbrahim Miraloğlu bunun ışığında hangi periyotlarda mikrobiyotaya bakılmasının daha faydalı olacağından da bahsetti:
“6 ayda bir mikrobiyotanın kontrol edilmesi uygun görülüyor,” diye belirtti Miraloğlu. “Özellikle antibiyotik kullanımı, antidepresan kullanımı, hızlı kilo alınan ya da verilen dönemler, bağırsak tarafında kötü hissedilen dönemlerde yaptırılmasının faydalı olacağını düşünüyorum.”
Bu tarz değişimlerin yakından izlenmesiyle bireyler, mikrobiyal profilleri hakkında değerli bilgiler elde edebilir ve sağlıklı mikrobiyota dengesini koruma yönünde adımlar atabilirler.
Ancak mikrobiyom verilerinin yorumlanması, dikkatli bir yaklaşım gerektirir. Belirli bakterilerin varlığı veya yokluğuna odaklanmaktan ziyade, vurgu, mikrobiyal topluluğun genel çeşitliliği ve işlevselliği üzerinde olmalıdır:
“Dünyada farklı ülkeler ve popülasyonlarda yapılmış çalışmalar, halihazırda herkesin erişebildiği veriler var. Bu veriler hastalar ve sağlıklılar olarak ayrılmış şekilde. Biz bunlara makine öğrenmesiyle bakterilerin orada bulunma miktarlarını hesaba katarak harita diyoruz. Hasta ve sağlıklı gruplar arasında bu haritalar ile bir fark oluşturmaya çalışıyoruz. Sonra sizin mikrobiyotanızı iki tane popülasyon arasında hangi popülasyona ne oranda benziyor diye karşılaştırıyoruz.”
Mikrobiyom Analizinde Karşılaşılan Zorluklar
Canlı yayında üzerinde durulan konulardan biri de, şüphesiz ki, yüksek potansiyellerine rağmen mikrobiyom bazlı metodların nüfus için daha erişilebilir ve uygun maliyetli hale getirilmesinin gerekliliği. İbrahim Miraloğlu ve Prof. Dr. Hakan Yüceyar, kişiselleştirilmiş mikrobiyom değerlendirmelerine yönelik talebin ve bilgi birikiminin halk arasında artmasının maliyetleri düşürme açısından büyük önem taşıdığını vurguladılar.
“Gelişmiş ülkelerde çokça yapılan bir testten bahsediyoruz,” diye ekledi Miraloğlu. “Türkiye’de bilgi birikiminin artmasıyla hızla yayılacağını düşünüyorum. Maliyet üzerinden düşündüğümüz zaman, bir de testi yaptırmamanın maliyeti var. Yaptırmanın ve yaptırmamanın maliyetlerini kıyasladığımızda, aslında testi yaptırmanın maliyetinin daha düşük olduğu aşikar.”
Buna rağmen, mikrobiyom araştırmalarının geleceği büyük umutlar taşımaktadır. İç mikrobiyal topluluklarımızın sırlarını çözmeye devam ettikçe kişiselleştirilmiş sağlık hizmetleri için yeni yollar keşfedeceğiz.
“Mikrobiyom analizinin son yıllarda popülaritesinin arttırmasının bir sebebi, halihazırda internette bulunan testlerin de son dönemlerde yeni erişilebilir hale gelmesinden kaynaklanıyor. Sonradan keşfedilen bir alan olmasından ziyade, yeni erişilen bir alan oldu. Bunu yeni bir trend olarak değil, yeni açabildiğimiz bir kapı olarak görmemiz gerek. Bundan herkesin faydalanmasını umuyorum. İsteyen herkes internette konu hakkında kaynaklar bulabilir, fakat herhangi bir harekete geçmeden bir doktora danışmalarını öneriyorum. Kişiyi testi yaptırmaya iten parametreler, doktorun fikriyle aynı olmayabilir ve kişiyi yanıltıcı bilgilerle başbaşa bırakabilir. Bunların mutlaka doktor tavsiyesiyle yapılması gerekiyor.”
Bireylere sağlıklı bir bağırsak mikrobiyomunu aktif olarak takip etme ve koruma konusunda güç vererek, daha sağlıklı ve uzun ömürlü bir geleceğe doğru güçlü adımlar atabiliriz. Mutlu bağırsak, mutlu insan!
MassBiome ile bağırsak mikrobiyomunun eşsiz dünyasının kapılarını danışanlarınıza açmak için bize ulaşın!